副本作为地下城堡2核心玩法之一，其入口分散于不同主线地图中。起步副本位于图8左上方的远山，需通过工坊制作仿制龙纹硬币进入，材料包括铁18000、秘银2600及强者血液3。完成远山后，玩家可挑战墓葬副本，该副本位于图11坐标（45，22），需通过市场购买龙纹银币解锁蓝图。裁判所副本则位于图3右下角，需消耗工坊制作的裁判所徽记进入，材料为铁30000、秘银20000和强者血液4。幽谷副本入口位于幻境森林正上方（17，，需消耗驱魔粉开启，驱魔粉可在冰峰谷（35，3获取。
墓葬副本要求酒馆等级达到31级，队伍需具备技巧465的刺客及全员315技巧属性。裁判所副本需全员装备双铁壁符文，护甲值40群奶量需达1000+。幽谷副本对元素恢复值有硬性要求，需高于400点技巧并配备25点魔抗装备。训练营副本位于图14，需全员流血衣及魔力鞋，祭祀需佩戴幼儿戒。迷雾岛副本需通关图16后触发，首次进入需消耗20000秘银和水晶制作门票，后续每次进入消耗300食物。
墓葬副本产出仿制龙纹银币图纸及绿符文；裁判所掉落装备强化材料与特殊武器；幽谷副本可获取魂魄用于红球交互任务；迷雾岛不同图腾组合掉落暗月诅咒装备碎片。每日可重复挑战的副本包括墓葬、远山、幽谷、裁判所和训练营，失败后需等待次日重置。裂隙副本位于湿地坐标（14，54），每日可挑战不同英雄BOSS，奖励随难度递增。
图11巨龙之路隐藏路线需全队315技巧解锁密室机关，前三个元素门需各触发一次选项才能激活火金门。图12冰峰谷的暗影刺客赫芬琳（9，11）关联乔尼支线任务，击败后获得风精灵指环。图16右下角迷雾岛副本需优先击杀三个发光小怪获取困难模式前置材料。世界地图中的庇护之地、失落王城等区域虽无独立副本，但隐藏据点如现代墓葬（45，22）可削弱正式副本怪物强度。
通关图8季风平原后解锁远山副本，图11元素塔需祭祀力速比优化及双抗100+配置。图24多西亚王城虽无副本，但三大魔将剧情影响后续副本开放。玩家需优先完成据点任务如小教堂（29，15）解锁教会系统，获取红装浩劫徽印以提升副本作战能力。遗迹系统通过图11右上角（38，5）据点开启，与副本装备养成形成互补。
每日必刷的迷雾岛和裂隙副本需合理分配食物与门票。工坊需储备铁、秘银等基础材料以应对突发性副本需求。金币优先用于酒馆升级至30级，提高SS佣兵获取概率以优化副本阵容。魂的使用应优先解锁流水线加速资源产出，避免过度消耗在非核心项目上。
